Juan nació en Ratisbona, Alemania, hijo del 10° príncipe de Thurn y Taxis, Carlos Augusto y la princesa María Ana de Braganza.
Juan se encontraba emparentado con la mayoría de las casas reales europeas.
La familia Thurn y Taxis llamó la atención masiva de los medios a finales de los años 1970 hasta mediados de 1980, cuando Juan se casó con la joven condesa María Gloria de Schönburg-Glauchau, un miembro de una mediatizada dinastía condal que aún poseía grandes propiedades en Alemania después de la Primera Guerra Mundial, pero se convirtieron en refugiados en África bajo el régimen nazi y cayeron en desgracia.
La vida bohemia de la pareja entre la jet set y el aspecto over-the-top de la princesa Gloria (que se caracteriza por el color del pelo brillante y ropas llamativas) impulsó a Vanity Fair para describirla como la "Princesa TNT, la socialité dinamita", un apodo que tuvo durante mucho tiempo.
Tuvieron tres hijos: A la muerte de su padre en 1982, Juan se convirtió en el jefe de la familia Thurn y Taxis.