Como muchos otros jóvenes miembros de las familias reales, el archiduque José Carlos entró en el ejército.

Pasó a ser Palatino de Hungría a la muerte sin herederos de su medio hermano Esteban, aunque ya desde 1848 este cargo era meramente simbólico.

Escribió el primer diccionario húngaro-gitano, e intentó integrarlos social, cultural y laboralmente.

Por sus numerosas publicaciones científicas, dominando las ciencias naturales y biología, en 1896 fue nombrado doctor honoris causa de la universidad de Budapest, así como seguidamente en 1897 lo fue en la universidad de Kolozsvár, en Transilvania.

Igualmente la sociedad de Filología de Budapest, y la Japan Society of London lo nombraron miembro honorario.