Varias personas relacionadas con el club, como Manuel Llorente, y medios de comunicación apoyaban la entrada de la familia Soler en el club para quitar poder al expresidente Roig y alcanzar una calma social.

Los resultados deportivos no acompañaban, y en enero de 2005 Juan Soler decide una reestructuración del organigrama del club para evitar continuas filtraciones y para tomar él mismo las decisiones, sin tener que pasar antes por el filtro del director general, Manuel Llorente, que pasa a tener una función más ejecutiva y menos decisiva.

El club no consiguió siquiera clasificarse para ninguna competición europea al finalizar la temporada en 7ª posición.

Para esta temporada contrató como director deportivo a Javier Subirats, y el nuevo técnico fue Quique Sánchez Flores, exfutbolista del Valencia y que llevaba una temporada entrenando en el fútbol profesional, concretamente al Getafe CF.

Se adelanta así a los rumores que colocaban al futbolista bético en grandes clubes de España, Inglaterra o Italia.

Contrata además a Asier del Horno del Chelsea FC por 7 millones haciéndole un contrato por seis temporadas cobrando 2 millones de euros cada una de ellas, al delantero italiano Francesco Tavano por cerca de 10 millones, y a Fernando Morientes que jugó tres temporadas en el equipo El futbolista Amedeo Carboni colgó las botas al finalizar la pasada temporada y es incorporado como director deportivo al club, pero pronto saldrían a la luz sus discrepancias con el técnico Quique Sánchez Flores que llevaron a una situación insostenible.

Aun así la tensa relación entre el director deportivo, Carboni, y el técnico, Quique, hizo que Soler tomara una difícil decisión con la afición dividida entre defensores del director deportivo y del técnico.

En la caótica temporada 2007/08 se sumó la crisis económica, las deudas cada vez mayores, y la mala situación deportiva del equipo.