Su medio hermano José Guadalupe Montenegro fue un importante militar y gobernador de Jalisco, mientras que su sobrino el coronel Miguel Montenegro Villalvazo, fue diputado al Congreso de Jalisco.
De 1782 a 1790 realizó sus primeros estudios en el Colegio Seminario Conciliar Tridentino del Señor San José en Guadalajara, lugar en donde se hizo afecto a la lectura de los filósofos franceses.
Junto con sus seguidores trazó un utópico plan para abolir a la monarquía e instaurar una república, dividiendo al país en doce provincias las cuales serían representadas por un congreso de diputados instalado en la Ciudad de México.
Se debería impulsar la ciencia y la educación, asimismo, para compensar el rezago de tres siglos, se deberían abrir fábricas para poder competir económicamente contra Francia y Gran Bretaña.
[4] Fue acusado por haber declarado que «en cualquier religión se puede uno salvar», que «la religión era pura política de la cual se habían valido los hombres para sujetar a los pueblos», que «algunos de los sumos pontífices no habían sido elegidos canónicamente porque sus elecciones habían sido por empeños de los reyes y no por el influjo del Espíritu Santo y sin embargo estos pontífices decidían y definían las cosas de fe lo mismo que los demás», por leer libros prohibidos por la Inquisición y por haber trazado un plan en contra de la corona.
Nuevas acusaciones fueron presentadas por el bachiller José María de la Torre, implicando a Gerónimo Covarrubias.