En 1805 la Real Universidad le confirió nemine discrepante, la borla de doctor.
En ese sitio, Cos editó dos periódicos proclives a la insurgencia, en una imprenta que él mismo construyó.
Tanto en el Manifiesto como en la Constitución, Cos se muestra radical en el sentido de que ha abandonado la tesis soberanista enarbolada por López Rayón —a saber, que la Junta de América conservaría la soberanía de la Nueva España hasta que Fernando VII volviera al trono.
Repetidamente manifiesta que "España y América son partes integrantes de la monarquía sujetas al rey; pero iguales entre sí, y sin dependencia o subordinación de la una respecto de la otra", lo que equivale a exigir una reforma política autonomista, no a una ruptura con la Corona y la consiguiente independencia:
Su postura, por tanto, era muy cercana a los liberales españoles que sufrirían la represión del absolutismo.