En total se han descubierto una serie de 4 complejos domésticos o domicilios junto con algunos edificios especializados y las áreas alrededor.
[3] Las estructuras excavadas se encuentran en cuatro áreas de excavación (operaciones), que también han sido llamadas como grupos o conjuntos, y que para la interpretación pública en el parque arqueológico son denominadas simplemente como áreas.
Primeramente se excavaba a través de la ceniza de la erupción TBJ del lago de Ilopango (ocurrida en algún momento del siglo IV o V d. C.) hasta el suelo preerupción y se empezaba a acumular esa tierra (que era mezclada con algunos pedazos de zacate) para formar un montículo bajo, que sería un poco más largo y ancho que el edificio que sería construido; y que servía para el drenaje de agua lluvia y cuyos bordes correspondían con la “línea de desagüe” del techo a ser construido.
Las bodegas, como las estructuras 4, 6, y 7, tenían un plano cuadrado y estaban ubicadas justo al sur del edificio domiciliar; en ellas se han encontrado, como víctimas de la erupción final, varios ratones en los techos y un pato amarrado (en la estructura 6).
Para ese momento en el valle de Zapotitán estaba surgiendo como centro rector San Andrés, a la vez que todos los sitios se veían influenciado por Copán (con quién Joya de Cerén comparte muchas similitudes domésticas y espaciales).
Aunque la erupción afectó solamente unos 5 km², ésta enterró la aldea bajo 14 capas de ceniza la cual cayó en varias oleadas a temperaturas que oscilaban entre 100 y 500 °C,[15] [2]protegiéndola contra los elementos.
[16] La evidencia encontrada en las estructuras señala que cuando inició la erupción la mayoría de los artefactos ya habían sido guardados de su ubicación de uso diario, las ollas de cocinar habían sido removidas de los fogones y el fuego ya se había apagado, ya se había servido la cena pero no todos los platos habían sido lavados (ya que se encontraron platos sucios en las estructuras 2 y 4; en los trópicos las personas acostumbran a lavar sus platos rápidamente después de las comida para evitar atraer animales e insectos), y los petates para dormir todavía estaban guardados en los techos y todavía no los habían puestos en las bancas para dormir; con todo ello, se considera que la erupción habría iniciado avanzada la tarde; habría estado oscuro, lo cual que habría sido desventajoso para las personas que escapaban de la erupción, ya que el territorio era cada vez era menos visible conforme corrían.
Sería hasta el año de 1976 cuando se descubren las estructuras del sitio, mientras se preparaba el terreno para construir silos para el Instituto Regulador de Abastecimientos (I.R.A.).
En la actualidad dichos habitantes se han convertido en grandes colaboradores de las excavaciones y en la conservación del sitio.
Al estar todavía rodeadas por las cenizas del volcán Loma Caldera, y cubiertas por un techo de lámina, la cantidad de humedad que se genera es enorme, especialmente a pleno mediodía.