Los sitios prehispánicos de El Salvador fueron los lugares ocupados durante la época precolombina del país; la mayoría de las ciudades, pueblos, aldeas, villas, caseríos y cantones de El Salvador tienen su origen a lo largo de esta era.
Cada uno de los sitios prehispánicos están clasificados por los períodos en que fueron construidos o en que fueron ocupados, o en el tiempo que alcanzaron su mayor auge.
Algunos lugares fueron ocupados durante el arcaico o en el preclásico pero empezaron a construir edificaciones hasta el preclásico o fueron abandonados en periodos posteriores; otros sitios del periodo preclásico se abandonaron en el periodo clásico: en el 260, debido a la erupción del volcán del lago de Ilopango; y unos pocos sitios del periodo posclásico aparecieron en el 800 o 900 al final del periodo clásico o aparecieron en el 600 y siguieron existiendo hasta la conquista española.