Obtuvo el Premio Nacional de Humanidades y Ciencias Sociales en 2003.
Su misión fue dirigir y coordinar el trabajo que realizaban procuradores, abogados internos y abogados externos en la defensa de los derechos humanos.
El trabajo se realizó fundamentalmente en tres ámbitos: Defensas ante los Consejo de Guerra: proporcionando la defensa jurídica a los acusados por estos Consejos.
Durante su vida en el exterior se unió en 1976 a Amnistía Internacional, organización que en 1977 recibió el Premio Nobel de la Paz por su «campaña contra la tortura» y en 1978 el Premio de Derechos Humanos de las Naciones Unidas.
En el libro "Una pasión predominante" editado por Pablo Chiuminatto, se recopilan las publicaciones de José Zalaquett en materia de artes visuales.
En 1990 recibió el Premio MacArthur por "demostrar méritos excepcionales y prometer un continuo y mejorado trabajo creativo" en materia de Derechos Humanos.
El año 2003, y en reconocimiento a su "aporte a la protección de los derechos de los individuos y la ética en la política",[6] se le otorgó el Premio Nacional de Humanidades y Ciencias Sociales.
Desde el año 2014 a 2016, trabajó realizando cursos gratuitos en línea de Derechos Humanos en el proyecto MOOC Chile de la Fundación Ford y la Universidad Diego Portales.
Patricio Hidalgo y Constanza Toro que fueron alumnos de sus cursos, publicaron "Idealista sin ilusiones", un libro de conversaciones con el profesor, recopilando sus ideas y vivencias.