Bajo este mismo incentivo, años más tarde crearía el Instituto de Humanidades San Rafael, a cargo del presbítero Luis Campino Larraín.

La idea consistía en dar a los alumnos una formación católica, integral y de excelencia.

En 1998 se anexan los terrenos aledaños, comprados a la congregación Union Mysterium Christi con el objetivo de construir una nueva entrada, un casino, un gimnasio en el tercer piso y un estacionamiento subterráneo de dos niveles.

Primeramente, este establecimiento educaba sólo a alumnos del sexo masculino.

Los cursos mixtos irían avanzando los niveles y así se irían abriendo matrículas en niveles superiores a medida que pasaran los años con la idea de que para el año 2016 existiera la primera generación mixta del IHLC.

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