[4]​ Se desconocen las causas de que dejara el cargo en manos el vicegobernador José María Cuellar, pero se sabe que sucedió durante el primer semestre de 1856.

[5]​[6]​ En el gobierno del presidente José María Obando, fue designado representante de Colombia ante Venezuela.

En 1867 Rojas fue elegido por segunda vez como magistrado de la Suprema Corte.

Rojas se presentó como candidato a las elecciones presidenciales de 1872, pero fue derrotado por el radical liberal Manuel Murillo Toro, y por su sector moderado del liberalismo mosquerista, que apoyó la candidatura de Julián Trujillo Largacha.

Se casó con Luisa de Francisco Mendoza y Ponce, con quien no tuvo descendencia.