En 2003 encabeza la candidatura al Cabildo de Gran Canaria por el PSC-PSOE.
A finales de 2003 es elegido Secretario Insular del PSC-PSOE en Gran Canaria y reelegido al año en 2004.
Fue Consejero del Cabildo de Gran Canaria entre 2003 a 2007.
No obstante, a raíz del pacto con Coalición Canaria entró en el gobierno de Canarias como vicepresidente y consejero de Educación.
José Miguel Pérez ha publicado varios libros y artículos.