Al desarrollar su carrera en la Nueva Granada, adquirió también la condición de militar del ejército colonial.
Cinco de sus siete hijos varones se integraron al ejército independentista americano.
Nariño terminó cercado por las tropas federalistas en Bogotá, pero resultó victorioso en la batalla del 13 de enero de 1913, lo que le permitió imponer su tesis en favor del centralismo, y reconciliarse con quienes se habían declarado sus enemigos.
El clérigo Manuel Torres Peña, que era fervoroso defensor del gobierno colonial, criticó el desempeño de varios de lo que en su momento promovieron la independencia del Virreinato a través de cuartillas, dedicando una de ellas a José Martín París: "El viejecillo París/que Madrid lo vio nacer/y vino a buscar mujer/es otro chisgaravís/y por tanto estoy a un tris/de decir que con los Peyes/para destronar los Virreyes/echó su piedra en el royo/y que apenas hay un crillo/que le gane en alzafuelles.
Para la recuperación del Nueva Granada, la tarea le fue encomendada al general Pablo Morillo, quien dominó gran parte del territorio mediante la persecución, procesamiento y condena de quienes lideraron los procesos de independencia.
José Martín París fue arrestado en 1815 y procesado por el Tribunal de guerra, cuyo fiscal, el teniente Manuel Pérez Delgado, lo acusó del delito de grave traición, condenándolo al secuestro de todos sus bienes y conminación perpetua en la Cárcel Grande, que fue instalada en las instalaciones del Colegio del Rosario.