Para las elecciones nacionales de Costa Rica del año 2006, Echandi había renunciado al Partido Unidad Social Cristiana y resucitado el partido de su tío abuelo el expresidente Mario Echandi Jiménez, el Partido Unión Nacional, por medio del cual fue candidato a presidente de la República y a diputado.
Fue acusado por el Comité Ejecutivo del Partido Unión Nacional en el 2007 de enriquecimiento ilícito,[7] cargo que fue desestimado por la Fiscalía General.
[8] Fue uno de los diputados más afines al gobierno del presidente Óscar Arias Sánchez, apoyando el TLC con Estados Unidos.
[10] En 2016 fue candidato a alcalde de San José por el Partido Integración Nacional obteniendo el sexto lugar.
Echandi siguió militando junto a Muñoz durante algunos meses, pero en marzo de 2017 decidió reingresar al PUSC, su antigua agrupación, y apoyar la tendencia del diputado Rafael Ortiz Fábrega.