El Alcalde de San José es el cargo de administrador general y representante jurídico de la Municipalidad de San José, la capital de la República de Costa Rica y el municipio más grande y poblado del país.
El cargo existe oficialmente desde la reforma municipal de 1998 como parte de los acuerdos bipartidistas del Pacto Figueres-Calderón.
Antes de esto los municipios eran administrados por una figura similar a un gerente general designado por el Concejo Municipal y llamado Ejecutivo Municipal, pero tras la reforma esta figura desaparece y es sustituida por el alcalde de elección popular.
La persona que ejerció el cargo de Alcalde de San José por más tiempo fue Johnny Araya Monge, quien antes fue ejecutivo municipal durante varios periodos consecutivos y lo ejerció por 32 años ininterrumpidos (si se incluye el tiempo en que fue ejecutivo municipal) hasta su renuncia en julio de 2013 para dedicarse de lleno a su candidatura presidencial, siendo sustituido formalmente por la vicealcaldesa Sandra García Pérez para el resto del período que finalizaría en el 2016,[1] para luego volver a asumir el cargo en las Elecciones municipales de San José de 2016 hasta el año 2024.
A partir del 2024, luego de 8 años desempeñándose como regidor de San José, Diego Miranda Méndez se convirtió en el Alcalde de San José, tras ganar las elecciones municipales de 2024 con un 24.36% de los votos emitidos.