Baca junto a su contingente decidieron refugiarse en el sur, encontrando asilo entre los gauchos del general Martín Miguel de Güemes.
A la muerte de Güemes, José Manuel Baca retornó a su tierra natal y organizó un pelotón compuesto por héroes del Pari, hostigando a los realista con la táctica de guerra de guerrillas, teniendo nuevamente contacto directo con el Colorao Mercado, quien era comandante del Ejército Cruceño, acantonado en Cordillera, esto hasta 1825.
En todas estas acciones de resistencia, José Manuel Baca contó el apoyo de su esposa, doña Florita Mendoza, quien con uniforme militar y carabina en mano le acompañaba.
Videla no le había reconocido su grado militar, pero le ofreció el cargo administrador o gobernador de la ex misión chiquitana de San José.
[1] De este luchador también se heredaron sus poesías y composiciones musicales, era famoso también por cantar canciones en las que echaba a los realistas.
En 1976 se erigió una estatua con su figura en Santa Cruz de la Sierra en una avenida llamada «Cañoto».