[1] Dicho nombramiento presidencial, desató un conflicto armado en el estado, debido a que el entonces gobernador Manuel María Escobar, se negó a entregar el cargo aduciendo intromisión del Gobierno Central en asuntos políticos estatales, por lo que atendiendo instrucciones del presidente Comonfort, el general Francisco de Velázquez se alzó en armas, derrocando al gobernador y entregando la gubernatura al general José Justo Álvarez.
De perfil «Conservador», durante su corta administración impulsó reformas de tipo económico y administrativo, expidió un decreto que hizo obligatoria la educación pública en el estado, y creó un órgano que se encargaría de manejar los fondos para su sostenimiento.
Bajo su mandato se hizo efectiva la expropiación de los bienes eclesiásticos.
Inauguró la Escuela Central de Niños "Porfirio Díaz" y construyó la Alameda del Playón Grijalva.
Fue ascendido a General de Brigada Efectivo por el presidente Benito Juárez.