Muñoz coeditó los libros Pop Out: Queer Warhol (1996) con Jennifer Doyle y Jonathan Flatley, y Everynight Life: Culture and Dance in Latin/o America (1997) con Celeste Fraser Delgado.
Escribía sobre artistas, intérpretes y figuras culturales como, entre otros, Davis Vaginal, Nao Bustamante, Carmelita Tropicana, Isaac Julien, Jorge Ignacio Cortiñas, Kevin Aviance, James Schuyler, Richard Fung, Basquiat, Pedro Zamora y Andy Warhol.
Siguiendo las teorías de Ernst Bloch en su tesis The Principle of Hope, Muñoz está interesado en la dimensión socialmente simbólica de los procesos estéticos que promueven el idealismo político.
Muñoz se aleja del "queer" como identidad política y lo trae a él al campo de la estética.
[10] Muñoz critica la tesis dentro del libro Sin futuro de Lee Edelman y el concepto de su teoría psicoanalítica freudiana, en la cual convierte la ontología queer en "el impulso hacia la muerte."
[16] En el libro Disidentifications, Muñoz define contrapúblicos como «comunidades y cadenas relacionales de resistencia que retan el modelo liberal de la esfera pública burguesa y heteronormal».