[1][2][3] Formado en el órgano y el arpa, se desconoce dónde estudió,[2] aunque Muneta especula que aprendió como infante del coro del Pilar.
Allí, en Calatayud, se casó con Rosa Blasco el 29 de julio de 1697, con la que tendría 6 hijos.
En el colegio formó a sus hijos José, Javier y Joaquín Ignacio, que además formaron parte de la capilla del maestro Julián Martínez Díaz.
En consecuencia llamó a su hijo Francisco Javier, en ese momento organista de la Seo, para ocupar el puesto de primer organista vacante:[4]
El hecho que Nebra no fuese clérigo resulta singular, ya que los maestros de capilla debían serlo.