El colegio se encontraba al lado del claustro de la catedral, en lo que ahora es la Hospedería de San José.
Durante este tiempo adquirió una copia realizada en Roma a mano de una sección del Suites de pièces pour le clavecin (Londres, 1720), que contenía una colección de ocho grandes suites para clave de Handel.
No se sabe si Francisco Javier fue a Roma a completar su formación, antes de convertirse en organista, y copió allí el libro, o si lo adquirió a través de algunos contactos romanos que se lo enviaron.
El libro se conserva en la Catedral de Zaragoza.
Su padre había dejado vacante el cargo de primer organista para convertirse en maestro de capilla, por lo que llamó a su hijo para ocupar el cargo de organista que dejaba libre.