Estaba muy unido a sus dos hermanas y a su madre (quien cariñosamente le llamaba "Johnny"), pero era castigado frecuentemente por su padre, un alcohólico que abusaba físicamente de la familia y que solía castigarlo pegándole con un cinturón de cuero.
Su padre lo denigraba, llamándole a menudo «marica», «estúpido» y «niño de mamá».
Cuando tenía once, se golpeó la frente con un columpio y, como consecuencia, se le formó un coágulo de sangre en el cerebro que pasó desapercibido hasta la edad de 16 años, cuando comenzó a sufrir desmayos.
Asistió a 4 colegios diferentes, pero acabó abandonando cada uno de ellos y nunca se graduó.
Allí conoció a su compañera Marlynn Myers, con la que se casó en septiembre de 1964.
En este puesto fue capaz de conocer, e incluso ser fotografiado, con la entonces primera dama Rosalynn Carter.
Gacy lo golpeó con un martillo en la cabeza y el chico pudo escapar al día siguiente.
Al día siguiente lo mató a puñaladas en su propio domicilio y lo enterró bajo su casa, siendo el primer asesinato confeso de Gacy.
Hacia 1975, Carole Hoff ya sospechaba que las continuas ausencias nocturnas de su marido no eran por trabajo, sino para mantener relaciones sexuales con adolescentes en el sótano de su casa, aunque no imaginaba los crímenes que allí mismo se cometían.
También dijo que Gacy era muy insistente, llegándole a pedir siete veces e incluso ofreciéndole marihuana.
El cadáver fue identificado como Frank Landingin, un traficante de poca monta y chapero que vivía en la calle.
Un registro en casa de John, en Norwood Park, reveló diversos artículos relacionados con otras desapariciones.
Las otras cuatro víctimas, dijo, las había arrojado al cercano río Des Plaines.
Los individuos más jóvenes tenían solo catorce años y el mayor veintiuno.
Más tarde en 2017, se logró identificar a otro joven; víctima #24 James Byron Haakenson.
Durante el juicio, se declaró inocente, alegando problemas de orden mental.
Además, Gacy ya había confesado a la policía y era incapaz de suprimir tal evidencia.
También se especula que la matanza de jóvenes era la expresión subconsciente del odio a sí mismo por su propia homosexualidad.
De todos modos, sus víctimas fueron mayoritariamente hombres heterosexuales y el atributo común entre ellos era la juventud.
Morrison apareció como testigo psiquiátrico y declaró que Gacy tenía «la estructura emocional de un infante».
Sus pinturas incluyen imágenes de Blancanieves y el asesino en serie Jeffrey Dahmer.
Sus pinturas también han sido usadas como adorno del álbum de Acid Bath When the Kite String Pops.
Gacy hizo pinturas para el artista, músico y actor Glen Meadmore, con quien también mantuvo correspondencia por un tiempo.
Lux Interior, cantante de la influyente banda Garage/Rockabilly The Cramps, también mantuvo una relación epistolar con Gacy, llegando este a obsequiarle un retrato del músico[8].
Las películas, series, canciones y documentales sobre su persona son múltiples, siendo los principales pero no los únicos: