Johann accedió al simple cargo de organista y lo ocupó hasta 1677.
En 1680 Krieger es nombrado maestro de capilla del Duque Christian en Eisenberg.
Allí ejercerá en la iglesia de San Juan, primero como director del coro y más tarde como organista.
Krieger fue ilustre por el alto nivel de su contrapunto, especialmente en sus fugas dobles.
Georg Friedrich Händel elogió su colección de piezas para órgano, Anmutige Clavierübungen ("Ejercicios graciosos para el teclado"), y la difundió en Inglaterra.