La fecha de nacimiento de 1623, que le atribuye Johann Mattheson, es contradicha por los registros baptismales en Deventer que fijan la fecha en el año 1643.
Sus primeros estudios de música los realizó en Deventer; después estudió órgano y composición con Heinrich Scheidemann en Hamburgo.
Reincken fue famoso por su estilo de vida derrochador y disfrutó una larga vida para su época, a pesar de gustarle en gran medida el vino y las mujeres.
Las improvisaciones de Reincken causaron una profunda impresión en Bach.
Se dice que ya a edad avanzada, al escuchar a Bach tocar sus improvisaciones del coral luterano An den Wasserflüssen Babylon, Reincken dijo: "Pensé que este arte estaba muerto, pero vive en ti".