Hoy en día es considerado el más destacado compositor germano de su tiempo, entre Heinrich Schütz y Bach.

Su cargo en la ciudad libre imperial de Lübeck le permitió desarrollar una amplia carrera musical y su autonomía fue un auténtico modelo para las carreras de maestros barrocos posteriores, como Georg Friedrich Händel, Johann Mattheson, Georg Philipp Telemann y Johann Sebastian Bach.

Les ofreció su cargo a ambos, pero tenían que cumplir la tradición de casarse con su hija mayor, Anna Margareta.

Tanto Händel como Mattheson rechazaron la oferta y se fueron al día siguiente de su llegada.

Buxtehude compuso música sacra en una época en que los compositores conocidos preferían cultivar las nuevas formas profanas: la ópera, el concierto y la sonata.

La reforma luterana favoreció una música sacra coral, basada en himnos, para que toda la congregación participara en el canto.

Buxtehude extendió el alcance musical y emocional de esta música coral, “hasta el punto que —debido a la complejidad del sonido— la congregación tenía que escuchar en vez de participar” (McLeish).

Sus cantatas tienen un “encanto fresco y vivaz que incluso Bach rara vez igualó” (McLeish).

Se conservan los libretos, pero no las partituras, lo cual es particularmente desafortunado, porque sus oratorios alemanes parecen haber sido el modelo para las obras posteriores de Johann Sebastian Bach y Georg Philipp Telemann.

Sus preludios son bastante variados en estilo, lo que les hace difíciles de clasificar: van desde los majestuosos BuxWV 137 y BuxWV 148 (que incluyen una verdadera chacona junto a partes fugadas y otras secciones tipo tocata) hasta piezas con múltiples partes variadas como BuxWV 141 (dos fugas, secciones de contrapunto imitativo y partes con escritura concordada) y composiciones con dos fragmentos relativamente breves como BuxWV 144 (un preludio improvisado corto seguido de una fuga más larga).

Los preludios comienzan, invariablemente, con secciones de improvisación que emplean una amplia serie de técnicas, desde la escritura contrapuntística, con breves fragmentos imitativos basados en un solo motivo, a otros en los que se concuerdan las voces sin seguir un mismo motivo, con arpegios, por ejemplo.

Las variaciones corales de Buxtehude están compuestas normalmente a tres o cuatro voces.

Hay series corales que no encajan en ninguno de estos tres tipos: Auf meinen lieben Gott, BuxWV 179, que es, de manera bastante desacostumbrada para la época, una suite de danza basada en el coral, y las basadas en el canto (Magnificats BuxWV 203-5 y Te Deum Laudamus, Bux WV 218), que son estructuralmente similares a las fantasías corales.

Unas pocas canzonas para teclado son sus únicas piezas estrictamente contrapuntísticas y probablemente fueron compuestas con fines pedagógicos.