Cada una de las siete partes en que se divide está dedicada a una parte del cuerpo crucificado de Jesucristo: pies, rodillas, manos, costado, pecho, corazón y cabeza.
Cada cantata en Membra Jesu Nostri se divide en seis secciones: una introducción instrumental, un concerto para instrumentos y cinco voces SSATB (con las excepciones de la quinta y sexta donde sólo hay tres voces), tres arias para una o tres voces y una repetición del concerto.
La métrica del poema unifica las pautas rítmicas de las cantatas (ejemplos 1 y 2).
La instrumentación de la obra requiere dos violines, viola da gamba, cinco voces (SSATB) y bajo continuo.
En las cantatas quinta y sexta el quinteto vocal se reduce a tres voces (ATB y SSB respectivamente), mientras que en el plano instrumental en la sexta cantata se prescinde de los violines para añadir un consort de cinco violas da gamba, además del bajo continuo.