En este campo, ha utilizado como principales instrumentos la Amsterdam Baroque Orchestra (fundada en 1979) y el Coro Barroco de la misma ciudad (1992).

[5]​ Este proyecto había comenzado cuando Koopman era artista del sello francés Erato Classics.

Sin embargo, después de 12 volúmenes (36 CD), el proyecto se paralizó cuando el propietario Warner Classics cerró su filial francesa en 2002.

Koopman pudo recomprar los derechos de los 12 primeros volúmenes y continuar la serie en 2003 con su propio sello Antoine Marchand, distribuido por Challenge Classics.

Anteriormente había grabado las obras para teclado para Philips Classics y varias cantatas para Erato.