Deventer probablemente fue fundada por el misionero inglés Lebuinus alrededor del año 768, quien construyó una iglesia de madera a orillas del río IJssel, origen de su puerto fluvial.

La escuela de latín alcanzó su culmen en el siglo XV bajo la dirección de Alexander Hegius von Heek (1433-1498), quien adoptó una pedagogía moderna e introdujo la enseñanza del griego, educando a gran número de importantes humanistas, entre los cuales el más famoso fue sin duda Erasmo de Róterdam, quien estudió allí desde 1475 hasta 1484, pero todavía brillaba a mediados del siglo XVII cuando enseñaba allí Johann Friedrich Gronovius.

Desde el siglo XVI, su puerto fluvial y la villa declinaron un poco.

Pero en el siglo XVIII se estableció la industria metalúrgica en Deventer, y en el siglo siguiente se consolidó como una ciudad industrial con producción química, textil y de maquinaria pesada, entre otras.

[3]​ Por su condición portuaria e industrial fue duramente bombardeada durante la Segunda Guerra Mundial.