Hijo del coronel unitario José María Villanueva, se educó en Copiapó, Chile, donde su familia vivía exiliada.

En 1867 fue nombrado simultáneamente fiscal y diputado provincial; eligió este último cargo, con el que se inició en la política partidaria.

En 1874 volvió a ser diputado provincial, durante el gobierno de Francisco Civit.

Desde 1869 hasta 1881, dominaron la política provincial su hermano Arístides Villanueva, gobernador desde 1870, y su sucesor, Francisco Civit.

Dejó el gobierno en diciembre de 1877, y su sucesor fue el opositor mitrista Julio Gutiérrez.