[14]​ En esta época tuvo un papel destacado en la fundación del Colegio de Francia propuesta por Guillaume Budé[15]​ y en las discusiones originadas por introducción de la Reforma protestante;[16]​ fue promovido a la diócesis de París[17]​ y formó parte del séquito de Francisco I cuando éste se entrevistó con Enrique VIII en Boulogne-sur-Mer en 1532[18]​ y cuando el año siguiente se celebró en Marsella el matrimonio del delfín Enrique con la sobrina del papa Catalina de Médici.

[22]​ [23]​ A instancias del rey Francisco, el papa Paulo III le creó cardenal en el consistorio de mayo de 1535, el mismo en que también recibieron la púrpura Nikolaus von Schönberg, Girolamo Ghinucci, Giacomo Simonetta, John Fisher, Gasparo Contarini y Marino Ascanio Caracciolo.

In absentia, recibió el título de Santa Cecilia, y en abril del año siguiente se le envió el capelo a Francia.

[9]​ Ese mismo año de 1535 murió el duque de Milán Francisco II Sforza y el rey francés comenzó una nueva guerra; en 1536 invadió Saboya expulsando al duque Carlos III, cuñado del emperador, que en respuesta desembarcó sus tropas en Provenza y envió al conde de Nassau a atacar Péronne desde Flandes.

[d]​ Se estima que en 1553 el valor de sus rentas anuales estaba en 80.000 libras tornesas,[39]​ y que al final de su vida ascendían a 16.000 escudos, más otros 6000 por el decanato.

El cónclave para elegir al nuevo papa se abrió el 5 de septiembre y se prolongó hasta el 26 de diciembre, pero Du Bellay ya no pudo hallarse en la proclamación de Pío IV por hallarse enfermo.

[40]​ Su herencia fue también objeto de disputas: en su testamento[49]​ legó todos sus bienes a su sobrina Marie, hija mayor de Martin, que era el único hermano varón que había dejado descendencia, pero descontentas con esta disposición, su hermana Louise y su sobrina Claude, hija de su hermana Renée, entablaron un pleito con Marie, que solo se resolvió cuando ambas partes llegaron a un acuerdo en 1577.

[50]​ Su villa romana[51]​[52]​ fue adquirida por Carlos Borromeo, que en 1565 la cedió a los cartujos de Santa Maria degli Angeli; posteriormente pasó a ser propiedad de Caterina Nobili Sforza, que transformó el palacio en la iglesia de Santa Caterina in Thermis (destruida en 1870) y la rotonda del sudoeste en la iglesia de San Bernardo alle Terme, que todavía se conserva.