Es famosa por ser cuna del coronel Gregorio Méndez Magaña, un militar que participó en la Intervención francesa en Tabasco, y que en su honor el municipio y la ciudad llevan su nombre.
El nombre de esta población proviene del vocablo náhuatl Xal-pan o Shal-pan, de Shali= arena y pan= terminación toponímica, lo que se traduce como: "sobre la arena".
Al momento de fundar la ciudad durante la colonia, los españoles la escribieron Xalpa.
Más tarde se le agregó el apellido Méndez en honor al Coronel Gregorio Méndez Magaña, el máximo héroe tabasqueño e hijo predilecto de la ciudad.
Entre 1680 y 1689, su población comenzó a decaer (al igual que en otras muchas poblaciones del estado) debido a las invasiones piratas, que obligaron a los habitantes a refugiarse en poblaciones más al interior del estado, de hecho, el pirtata Laureen Graff "Lorencillo" se convirtió en un verdadero azote para las diversas poblaciones de la Chontalpa incluyendo a Xalpa,[6] hasta que los pobladores de la Chontalpa decidieron desviar las aguas del río Mezcalapa (que en ese tiempo desembocaba en la barra de Dos Bocas) hacia un afluente del río Grijalva, desde entonces, el antiguo cause del Mezcalapa disminuyó drásticamente su caudal llamándosele "río Seco".
Esta desviación ocurrió en el punto llamado "Nueva Zelanda" del municipio de Cárdenas.
Jalpa de Méndez se encuentra dentro de la Ruta del Cacao, junto con Nacajuca, Comalcalco, Paraíso y Cunduacán; y también es parte del Corredor Turístico Biji Yokot'an, junto con Nacajuca.