Fue hijo de Jacobo Dionisio Varela y Benita Gumersinda Berro y Larrañaga.Entre el 10 de abril y 8 de mayo de 1882 participó del primer Congreso Pedagógico instalado en América del Sur, el cual sesionó en Buenos Aires.Además de Varela, los representantes uruguayos fueron Carlos María Ramírez, Carlos María de Pena, Alfredo Vásquez Acevedo y Francisco Berra.[1] Entre otros aportes a la reforma, Jacobo Varela diseñó un banco mesa escolar, que lleva su nombre para mejorar la postura de los alumnos en las aulas.[2] También introdujo la Gimnasia en las escuelas de segundo y tercer grado.
