Nació probablemente en Roma y era apodado "lo Zazzerino" (el melenudo) por su cabello rubio.
En los años 1590, Peri se asoció con Jacopo Corsi, el más importante patrón de la música en Florencia.
Ellos creían que el arte contemporáneo era inferior al de la Grecia clásica y al arte romano, y decidieron intentar recrear el teatro de la Antigua Grecia, tal como lo comprendían.
Peri y Corsi solicitaron al poeta Ottavio Rinuccini escribir un texto, y el resultado, Dafne, que para nosotros hoy está lejos de lo que los griegos hicieron, es considerada como la primera obra de un nuevo género, la ópera.
En 1601, Peri partió de Florencia para Ferrara, probando mejor fortuna en otros proyectos.