El largo aislamiento geológico del archipiélago y el intenso calor y falta de agua se han combinado para dar lugar a una interesante flora endémica que es muy vulnerable a los cambios; al menos un tercio de las 800 plantas que se encuentran en Socotora son endémicas.
Los botánicos sitúan su flora entre las diez que más peligro de desaparición corren en el mundo.
Su savia, de color rojo, era buscada en la Antigüedad para ser usada como medicina o tinte.
Al igual que ocurre con otras islas aisladas, los murciélagos son los únicos mamíferos nativos de la isla.
Como contraste, la diversidad marina es muy grande, y se caracteriza por la presencia de especies originarias de las regiones biológicas próximas, el océano Índico al este y el mar Rojo al noroeste.
El clima en general es desértico tropical, con pocas lluvias, concentradas en el invierno y más abundantes a mayor altura que en las zonas costeras.
Si bien existe una leyenda que relata una conquista de la isla por Alejandro Magno, en busca de aloes curativos, la realidad es que los primeros ptolomeos, soberanos griegos de Egipto en la época helenística (siglos IV a I a. C.) exploraron las costas a ambos lados del mar Rojo, cartografiándolas y fundando factorías comerciales en los litorales africanos (en las actuales Eritrea y Somalia), descartando las árabes por ser desiertas, desde las que iniciaron un comercio regular con India, de donde traían perfumes, perlas y otros productos exóticos muy apreciados por la alta sociedad.
Socotora fue así colonizada por mercaderes y negociantes, convirtiéndose en la principal escala de la ruta hacia India.
Una tradición local cuenta que los habitantes fueron convertidos al cristianismo por el propio apóstol Tomás en el año 52 d. C. En el siglo X, el geógrafo árabe Abu Zaid Hassan comentó que la mayoría de los habitantes de las islas eran cristianos nestorianos.
[5] Algunos funcionarios yemeníes declararon que "los vuelos de carga emiratíes han descargado tanques, transportes blindados y equipo pesado en Socotra".
Debido al largo aislamiento geológico del archipiélago, junto con el fuerte calor y la sequía, se ha creado una espectacular flora endémica que es vulnerable a las especies introducidas (como las cabras) y al cambio climático.