Su hermano reclamó el trono en 1518 y fue coronado como Enrique II de Navarra.

Aunque se siente muy atraída por la Reforma, hasta seis años después de la muerte de su marido en 1558, no se convirtió e introdujo el protestantismo en su castillo de Blain, donde organizó la primera iglesia protestante bretona.

Isabel recibió al pastor Dandelot, que predicaba la religión reformada de Nantes.

Junto con los pastores Fleurer y Loiseleur de Villiers, Dandelot pronuncia las primeras prédicas calvinistas.

Isabel recibió del rey, en 1560, la libertad de conciencia para ella y toda su casa.