En 1597, su suegro, el duque Guillermo V de Baviera, abdicó y se retiró a un convento, por lo que Maximiliano ascendió al trono de Baviera.

El matrimonio no tuvo hijos, algo que le causó mucho sufrimiento a la pareja.

Isabel Renata es descrita como una católica muy devota, que pasó mucho de su tiempo en sus deberes religiosos, y se hizo conocida por su estilo de vida ascética.

Los bávaros y loreneses acudieron en ayuda del emperador Fernando II.

Maximiliano I se convirtió así en el primer príncipe elector del Imperio.