Además participaba en la administración de la región, como órgano que integraba el Gobierno Regional de Magallanes y Antártica Chilena.
El antecesor directo del cargo del intendente regional de Magallanes es la figura del gobernador del territorio de Magallanes y posteriormente intendente de la provincia de Magallanes.
Durante el proceso de regionalización iniciado en 1974, la antigua provincia de Magallanes fue transformada en la actual Región de Magallanes y de la Antártica Chilena.
Una reforma constitucional del año 2017 dispuso la elección popular del órgano ejecutivo del gobierno regional, creando el cargo de gobernador regional y estableciendo una delegación presidencial regional, a cargo de un delegado presidencial regional, el cual representa al poder ejecutivo y supervisa las regiones en conjunto a los delegados presidenciales provinciales.
Tras las primeras elecciones regionales en 2021, y desde que asumieron sus funciones los gobernadores regionales y delegados presidenciales regionales, el 14 de julio de 2021, el cargo de intendente desapareció en dicha fecha mencionada, siendo Jennifer Rojas García su última titular.