Tiene su sede en la capital regional, la ciudad de Punta Arenas.
Sin perjuicio de las facultades que le corresponden al intendente en el gobierno de la Región de Magallanes y de la Antártica Chilena, como representante natural e inmediato del presidente en dicho territorio, es el órgano ejecutivo del Gobierno Regional de Magallanes.
Es nombrado por el presidente y se mantiene en sus funciones mientras cuente con su confianza.
Está integrado por 14 consejeros elegidos por sufragio universal en votación directa, de cada una de las 4 provincias de la región (8 por Magallanes; 2 por Tierra del Fuego; 2 por Última Esperanza; y 2 por Antártica Chilena) que duran 4 años en sus cargos y pueden ser reelegidos.
El presidente del Consejo Regional de Magallanes es Alejandro Kusanovic Glusevic (IND-REG).