Tras la victoria del sí en el referéndum, se constituyó un gobierno autonómico de carácter democrático, hecho inédito incluso hasta la fecha en una dictadura contrastada como la española.
La nueva autonomía, denominada desde entonces como Guinea Ecuatorial, pasó a estar presidida por Bonifacio Ondó Edú.
En diciembre de 1966, el Gobierno cedió a las presiones internacionales y acordó preparar una Conferencia Constitucional.
Al frente de la delegación del gobierno autonómico ecuatoguineano figuraba Federico Ngomo.
La UB, presidida por Edmundo Bossio, que logró los 7 diputados restantes, entró igualmente en el Gobierno, con su líder como nuevo vicepresidente del país, aunque su presencia no era aritméticamente necesaria.
[12] La crisis con España finalizó en abril con la salida de casi toda la población española establecida en el país, tras lo que se inició en el país un período de represión política y aislamiento internacional.
[16] En esta misma línea, en julio de 1972 promulgó una Ley Constitucional por la que se declaraba presidente vitalicio del país.