La mayoría, salvo Unión Bubi y la Unión Democrática Fernandina (que solicitaban que la isla de Bioko siguiese bajo administración española, o en su defecto, se le otorgara la independencia por separado) coincidía en la territorialidad del país (independencia unitaria),[3] aunque algunas voces, principalmente desde Idea Popular de la Guinea Ecuatorial, habían defendido en el pasado la federación o integración del territorio en Camerún, país que era independiente desde el 1 de enero de 1960.
[6][7] Carrero Blanco quería mantener los intereses económicos españoles en Guinea Ecuatorial (incluyendo los suyos propios), demostrando una actitud claramente neocolonialista.
[3] Macías acusó a los líderes del MONALIGE Ndongo y Saturnino Ibongo Iyanga de estar vendidos al régimen español[3] y junto a miembros del Secretariado Conjunto denunció la "imposición" de la Constitución en Naciones Unidas.
[3] En cuanto a las motivaciones que pudo tener García-Trevijano para implicarse en la independencia de la colonia africana, los historiadores Rosa Pardo y Florentino Portero han apuntado que García-Trevijano pretendía frustrar el proceso independentista para desacreditar al Gobierno.
Tras la independencia, Macías fue proclamado presidente tras triunfar en la segunda vuelta de las elecciones presidenciales frente a Bonifacio Ondó Edu.
Para las citadas elecciones, cada uno de los candidatos representó los intereses que habían apoyado durante la Conferencia.