Siloé apostaba por añadir un claustro al templo, pero esta idea fue desechada en el siglo XVIII.

En 1705, el arzobispo Martín de Ascargorta encargó las obras a Francisco Hurtado Izquierdo, que inició la construcción sobre el espacio ocupado por la antigua mezquita mayor, derribando lo que quedaba de aquellas instalaciones.

Aunque en el proyecto original contemplaba dos puertas laterales adicionales con columnas salománicas, estas no se llegaron a construir, las columnas fueron enajenadas con destino al palacio de Bibataubín, y la puerta principal quedó como único acceso.

Por la calle Oficios, hay una entrada lateral con una portada de diseño muy sencillo, flanqueada por pilastras que enmarcan la puerta.

Todo el conjunto se completa con detalles característicos de la época, como formas curvas, angelotes y motivos vegetales.

Actualmente contiene una reproducción de la Inmaculada del maestro Alonso Cano.

El pie del púlpito incluye figuras de un perro y una pantera, talladas por Pedro Tomás Valero, quien también realizó relieves que representan a los arcángeles Miguel y Gabriel sobre las puertas de la sacristía, mostrando al primero como defensor de la fe y al segundo como mensajero celestial.

En su interior interesantes cuadros de los siglos XV y XVI, así como una pila bautismal del Renacimiento, considerada una obra maestra atribuida a Francisco Florentín.

Su autor es desconocido, aunque se le atribuye a Guillermo D´Enoyer o Miguel González Aurioles.

En las capillas laterales del crucero se hallan dos retablos barrocos de mayor tamaño, realizados por Nicolás Moya.

El crucero está cubierto por una cúpula semiesférica, apoyada en machones formados por medias columnas de orden compuesto.

Fue utilizada como osario, trasladando restos de sepulturas del antiguo Sagrario.

[5]​ En esta edificación destaca el Cristo de la Buena Muerte o la Expiración que se encuentra en el interior del templo.