La iglesia se vio afectada por el gran incendio de la Plaza Mayor en 1790.

Se tiene la certeza de que su primera advocación estuvo dedicada a San Marcos y en honor a él, el día 25 de abril, se celebraba una procesión.

[2]​ La denominación "Octoes" causa discusión en los diversos estudiosos, Gómez Iglesias cree que la palabra "octoes" es una grafía arbitraria, cuyo origen sería el «auctores» latino, con el sentido de garantes o conjuradores, por ser iglesia juradera.

En el siglo XVI afronta diversas reformas pero éstas se ven dificultadas por su linde con la muralla.

El pintor Andrés López Polanco solicitó ser enterrado en este templo.