[2][3] El templo mozárabe fue construido reaprovechando materiales de épocas anteriores, visigótica y romana.
Tan solo se puede afirmar, gracias a una inscripción actualmente desaparecida, que debido al incremento de monjes fue necesario ampliarlo, consagrándose en el año 951 de la era hispánica (913 en nuestra cronología) por el obispo Genadio.
[4] Esta lápida fundacional, actualmente de paradero desconocido, describe los orígenes del templo.
Buena muestra de este reaprovechamiento es el pórtico meridional, realizado en dos fases constructivas distintas: los siete arcos occidentales, con sus columnas y capiteles, de estilo califal, obra «mozárabe» del siglo X, conservando aún parte del alfiz, y los restantes, a oriente, claramente reaprovechados, pues a los capiteles les falta una de las caras, como para ser adosados a pilares o paredes.
La segunda fase liberó visualmente la fachada meridional de elementos ajenos, reordenando la señalización y habilitando un aparcamiento en las inmediaciones.
La cabecera, que es recta en su exterior, en el interior alberga tres ábsides de planta ultra semicircular.
Las capilla están cubiertas con bóvedas de arista, mientras que el resto del edificio se cubriría con una armadura de madera vista, sustituida, en la actualidad, por otra más compleja y algo más moderna.
Al exterior, se corona con tejado a dos y una vertiente, con amplios aleros soportados por modillones de rollos.
En esta torre destaca el ventanal del muro oeste con un doble arco de herradura que, aunque de época románica, imita al que se encuentra en el extremo occidental del pórtico.
Así queda aún patente en la liturgia ortodoxa bizantina y en el ceremonial copto.
Las cubiertas son de madera, estando la central decorada con pinturas del siglo XV.
Este trabajo fue realizado por el reconocido maestro iluminador Magius,[6] cuyo nombre aparece citado (Maius quippe pusillus).