Guarda en su interior un retablo renacentista, el de la Piedad, que está considerado como de los mejores del País Vasco y tiene adosado un curioso claustro por cuyo patio interior pasa el río.

El templo original data del siglo XIII y constaba de una única nave.

En el siglo XV se añadieron otras dos naves quedando a central más elevada que las laterales, esta obra fue impulsada por los Señores de Oñate.

Las bóvedas que cubren el alzado son de crucería con plementería enjalbegada.

A su lado, embutido en la pared, se halla el mausoleo realizado también en estilo plateresco y atribuido al burgalés Diego de Siloé.

[1]​ El tema principal es la figura del propio obispo rezando y asistido por una virtud.

Las crujías se abren a anchos ventanales apuntados con trasdoses coronados por festones conopiales decorados con cardinas e intradoses consistentes en tríos de maineles y tímpanos calados, que separan pilastras con decoración vegetal; sobre las cornisas, cresterías, gárgolas, pináculos y remates de cogollos.