De ese período quedan algunos vestigios, como lo demuestran las frestas trilobuladas al lado del pórtico principal.

La iglesia sería remodelada al final del siglo XV, construyéndose el magnífico templo que hoy subsiste y que es una de las más impresionantes iglesias portuguesas.

El convento de San Francisco vivió entonces su época dorada, cuando la corte del rey Alfonso V de Portugal se instaló en el espacio conventual durante sus estancias en Évora.

En la extensa nave del templo, se abren diez capillas laterales, compuestas por retablos de talla dorada y policromada (siglo XVIII) y de estucos (siglo XIX).

En él se exponen las grandes imágenes de San Francisco y Santo Domingo, como era costumbre en las iglesias franciscanas.

Los altares colaterais tienen todavía varias pinturas del período renascentista.

La capilla fue construida en los siglos XVI y XVII, en el lugar del primitivo dormitorio de los frailes.