También hizo reedificar la iglesia catedral de dicha ciudad, estableció cofradías para indígenas, negros y mulatos; llevó a cabo una campaña contra el servicio personal de los aborígenes.

En 1601, el obispo Trejo y Sanabria le escribió al rey Felipe III, haciéndole saber la necesidad de crear un colegio seminario anexo a la iglesia catedral.

Ante ese pedido, el rey autorizó su creación mediante real cédula de 1603.

El Provincial, padre Tomás Travi, solicitó a la Comisión Nacional de Museos el traslado a Córdoba de la lápida sepulcral del Obispo Trejo y Sanabria.

Obtenida la autorización la tarea fue asignada al Padre Avelino Gómez Ferreira S.J[9]​ La calle "Obispo Trejo" por la cual se ingresa al museo y a la Biblioteca Mayor de la Universidad de Córdoba, fue nombrada en su memoria.