En 1556 visitó Irlanda por primera vez, acompañado por el Lord Diputado Thomas Radclyffe, III conde de Sussex, que se había casado el año anterior con su hermana Frances.
Al llegar a Irlanda, encontró el país en una condición mucho más miserable y turbulenta que durante su estancia anterior, debido sobre todo a las acciones de Shane O'Neill, que continuaba azotando toda la isla desde sus posesiones del Úlster.
Tras muchos esfuerzos, consiguió que la reina aprobara severas sanciones contra O'Neill; y, aunque el jefe irlandés fue capaz de escapar de la persecución inglesa, Sidney consiguió reinstaurar a su principal rival Calvagh O'Donnell al frente del clan O'Donnell y estableció una guarnición inglesa en Derry, con lo que consiguió pacificar parcialmente la zona.
Después regresó al Úlster, obligando a Turlough Luineach O'Neill, sucesor de Shane como jefe del clan, a presentarle su sumisión, dejando guarniciones estacionadas en Belfast y Carrickfergus, para así controlar Tyrone y los Glynns de Antrim.
En otoño de 1567, Sidney regresó a Inglaterra, donde permanecería durante los siguientes diez meses.
Tras lograr apaciguar esta zona, Sidney partió hacia el sur, donde también consiguió establecer su autoridad, y procedió a implantar un sistema administrativo basado en el modelo inglés de los condados.