[1] Junto a los intereses políticos ya mencionados, la intervención papal introdujo en el conflicto un factor religioso (católicos contra protestantes).
Ambas familias tenían sus propios ejércitos y se guiaban por sus propias leyes, mezcla de costumbres inglesas e irlandesas, independientes totalmente del gobierno inglés de Dublín.
Sin embargo, a partir de 1530, las sucesivas administraciones habían intentado expandir el control inglés sobre toda la isla.
Las familias locales contemplaban estas presidencias como una intromisión en su esfera de influencia, molestándoles en sus actuaciones.
Este hecho dejó a los Geraldinos de Munster sin un líder claro y la administración del territorio fue a recaer en James Fitzmaurice Fitzgerald, capitán general del ejército de Desmond.
Thomas Butler regresó de Londres y consiguió que los Butlers rebeldes depusieran su actitud.
El más importante, Donald MacCarthy Mor se rindió en noviembre de 1569.
Pese a todo, FitzMaurice prolongó sus operaciones durante otros tres años.
Aunque todos los jefes locales habían sido sometidos al final de la rebelión, los métodos usados provocaron resentimiento entre los afectados, especialmente entre los mercenarios irlandeses, conocidos por gall oglaigh ("gallowglass" para los ingleses).
Durante su exilio en Europa, se había convertido en un soldado de la Contrarreforma y mantenía que, al estar excomulgada Isabel I, los católicos irlandeses no le debían lealtad alguna.
Posteriormente, otros clanes gaélicos y familias de ingleses viejos se unieron a la revuelta.
Pero cuando las autoridades inglesas le proclamaron traidor, no dudó en unirse a la rebelión.
El foco de la rebelión se desplazó entonces a Leinster, donde el jefe gaélico Fiach McHugh O'Byrne y el vizconde Baltinglass se unieron a la causa de los FitzGerald.
Entretanto, la política de tierra quemada extendió el hambre entre la población civil, lo que motivó que, uno tras otro, los jefes gaélicos aliados de los Geraldines fueran acogiéndose al perdón ofrecido por la reina Isabel I.
Grey fue convocado a presencia de Isabel I por su excesiva brutalidad.