Su diagnóstico del autismo, al que denominó "psicopatía autista", también ha suscitado polémica.
Tuvo dificultades para hacer amigos, y se le consideró un niño solitario.
[5][6] Durante su infancia, Asperger parece haber presentado algunas de las características del síndrome que lleva su apellido.
Fue alguien dotado para el lenguaje, estando particularmente interesado en el poeta austríaco Franz Grillparzer, cuya obra recitaba frecuentemente a sus compañeros de clase.
[5] Hacia el final de la guerra, Asperger abrió una escuela para niños con la Hermana Victorine Zak.
Asperger identificó que muchos de los niños diagnosticados como autistas usaban su talento una vez adultos, y llevaban carreras exitosas.
Fue designado jefe de pediatría en la Universidad, puesto que conservó durante 20 años.
Edith Sheffer, especialista en historia europea moderna, escribió en 2016 que Asperger cooperó con el régimen nazi, incluso enviando niños a la clínica Spiegelgrund que participaba en el programa de exterminio nazi eufemísticamente denominado eutanasia.
[12][13] Sheffer escribió un libro desarrollando su investigación titulado Los niños de Asperger: Origen del autismo en la Viena nazi.