El mayor operador del Marathon fue la Real Fuerza Aérea, donde el modelo fue usado principalmente como entrenador de navegación.Se decidió comprometerse con un avión cuatrimotor con un ala alta que pesara aproximadamente 16 500 libras; la propuesta fue presentada al Ministerio del Aire para su revisión, resultando en que la Especificación 18/44 fuese redactada de acuerdo con la misma.[2][3] Si bien el concepto recibió rápidamente la aprobación del Comité Brabazon, que le asignó la designación Type 5a, Miles no recibió un contrato directo inmediatamente; en su lugar, la especificación fue lanzada a licitación pública durante mayo de 1944.[4] A pesar de que se presentaron ofertas rivales desde compañías como Percival y Armstrong Whitworth, el diseño de Miles fue seleccionado como ganador, enviándose a la compañía instrucciones para proceder con el desarrollo en octubre del mismo año.[6] Esto dio lugar a numerosas disputas sobre qué grupos tenían autoridad para anularse entre sí y provocó un considerable desperdicio de recursos en el proyecto.Según la especificación, el nuevo Armstrong Siddeley Mamba fue seleccionado para propulsar esta variante (denominada M.69 Marathon II), pero también se consideró el uso alternativo de motores Rolls Royce Dart.Los últimos tres aviones de producción recibieron depósitos mayores y fueron vendidos a Union of Burma Airways, que los operó en la región durante varios años.[15] El Ministerio de Suministros acabó con hasta 30 Marathon devueltos o sin vender, y enseguida buscó usos para ellos.[9] La mayor parte de los aviones excedentes fueron desviados para ser usados por la Real Fuerza Aérea como entrenadores de navegación, recibiendo la designación Marathon T.Mk II, junto con numerosas modificaciones internas para realizar sus tareas.[16][17] Unos pocos Marathon fueron operados por otros usuarios militares británicos, incluyendo el Royal Aircraft Establishment.Miles en Shoreham para su planeado uso en vuelos regulares, pero esto no sucedió finalmente y fueron desguazados en 1962.
