Hélice superenrollada

Plegar una secuencia con este patrón repetitivo en una estructura secundaria de hélice alfa provoca que los residuos hidrofóbicos se presenten como una "banda" que gira lentamente a lo largo de la hélice en sentido antihorario, formando una estructura anfipática.

La forma más favorable para que dos de estas hélices se organicen en el medio acuosos del citoplasma es envolver las zonas hidrófobas entre sí ubicándose los aminoácidos hidrofílicos hacia el exterior.

Debido a esto, el ocultamiento en el interior de las superficies hidrófobicas, proporciona la fuerza termodinámica impulsora para la oligomerización.

Las hélices alfa pueden ser paralelas o anti-paralelas, y suelen adoptar un enrollamiento en sentido antihorario.

[5]​ Un paso clave en la entrada del VIH en las células humanas es la exposición de una hélice superenrollada trimérica paralela conocida como gp41.

Otro aspecto del ensamblaje relativamente bien conocido, al menos en el caso de los dímeros, es que colocando un residuo polar (en particular asparagina, N) en posiciones a opuestas fuerza al ensamblaje de hélices paralelas.