Existen diferentes modelos de estructuras secundarias (motivos), los más frecuentes son la hélice alfa y la conformación beta o lámina plegada.
El plegamiento es esperado a nivel local, entre aminoácidos cercanos de la cadena polipeptídica.
Las formas estructurales secundarias más comunes son: las hélices alfa y las láminas beta.
Otras estructuras extendidas como la hélice de poliprolina y la sábana alfa son raras en la forma natural proteica pero se cree que son intermediarios importantes en el doblamiento de las proteínas.
[2] La estructura secundaria fue introducida por Kaj Ulrik Linderstrøm-Lang en la Universidad de Stanford en 1952.